安英学を自由契約から獲得し、野村直輝を日本経済大学から新加入した。小宮山尊信が現役を引退した他、大久保哲哉、津田知宏、野崎陽介、寺田紳一らが退団。松浦拓弥、乾大知、竹重安希彦、伊野波雅彦らが移籍加入した他、草野侑己、袴田裕太郎、中山克広が新人として加入、横浜FCユースから安永玲央、大内一生が昇格した。一方で、中島崇典（鳥取）、黒津勝（鳥取）、村井泰希、井手口正昭（ベトナム1部・
チュングンを補強、ユースから山本凌太郎が昇格、大学生の中山雄希、新井純平、高校生の市川暉記が新加入した。 シーズン終了後に中田が監督を退任し、強化育成テクニカルダイレクターに復帰した。 なお、岸野はGM職をこの年限りで辞任した。岸野体制3年目。 タヴァレス体制3年目。 ピッコリ体制2年目。岸野体制2年目。 しかし決勝では、リーグ戦で勝てず（1分1敗）天皇杯でもベスト16敗退に追い込まれたG大阪相手に、ナビスコカップ通算最多得点記録の更新がかかる佐藤の2ゴールで2点を先制するも、その後3点を奪われ逆転負け。下平体制移行後も最初の5試合は5分の成績だったこともあり、前半戦はプレーオフ圏外の12位で折り返したが、その後は第19節から第36節まで7連勝を含む18試合負けなし（12勝6分け）とクラブ記録を更新するなどチーム状況が好転。 『交通新聞』 (交通新聞社).熊本日日新聞 (2010年6月16日). 2014年7月14日時点のオリジナルよりアーカイブ。
エムボマが加入し、新井場徹がユースから昇格した。 ユースから高丘陽平と石井圭太が昇格。、後任には下平が監督に昇格した。結局、J1昇格プレーオフに進出した前年と異なり、降格圏までは落ちなかったものの、第4節終了時に11位となって以降一度も1桁順位になることなく、第39節の松本戦に敗れてプレーオフ圏外の7位以下が確定。 その後巻き返して、第18節から15試合連続負けなしで8位に上昇し、第4節以来およそ17節ぶりに1桁順位となった。前半戦をJ1参入プレーオフ圏内の6位で折り返すと、その後も昇格争いを繰り広げた。夏場に4連勝したが、後半戦は12試合連続無勝利を喫するなど再度失速し、年間を通して一度も二桁順位から脱せないまま18位でシーズンを終えた。後半戦初戦、第22節町田戦に勝利して9位に浮上してからは、後半戦を通じて1桁順位を維持、第37節大分戦の勝利でJ1昇格プレーオフ圏内の6位に浮上。
背中上部 シュゼット アンリ・ J1への自動昇格となる2位以上こそならなかったものの、仙台をかわして3位でシーズンを終えた。大宮公園のキャパシティについての参考として、以下に観客動員記録を挙げる。選手以外では3月に元FCバルセロナ副会長のマルク・ 8月に飯尾が松本へ完全移籍した一方、2010年まで柏に所属していたフランサを獲得、10月にはOBの奥大介が強化部長に就任した。 6月、ルスが不整脈の治療に専念するために監督を辞任し、後任に中田仁司が就任した。 スンジンを始めに北爪健吾、渡邊一仁、武田英二郎らが新たに完全移籍で加入し、新人として立花歩夢が加入した。 22 2010 １月1日 2010年新春生放送！